明太祖朱元璋于洪武十五年硬性把佛教僧人分为三类，一禅僧，二讲僧，三教僧，。明太祖的做法实际上是对佛教的明扬暗抑，产生的作用深刻影响了佛教内部，并被后来的明清统治者采用，流弊日渐增长，佛教内部无法察觉，即使有察觉也无能为力。到了清朝末年，佛教衰落到一个历史的谷底。

       从红巾军起家的朱元璋，年轻时当过僧人，目睹元代佛教的腐败，红巾军又是摩尼教、白莲教和弥勒教的混合物。他深知宗教被利用的危险性和对人民大众的愚民作用，所以他的政策是又利用又限制隔离，屡次下诏要僧民隔离，僧民不能混杂，甚至不能以化缘为由，奔走村市。

洪武十五年五月，太祖下诏："佛寺之设，历代分为三等，曰禅、曰讲、曰教。其禅不立文字，必见性者方是本宗；讲者务明诸经旨义；教者演佛利济之法，消一切现造之业， 涤死者宿作之愆，以训世人。"

所谓禅主要指禅宗一类；讲是指注重研修讲说佛教义理的天台、华严诸类；教则专门指诵念真言密咒，演行瑜伽显密法事仪式者，实际上是专门应付俗事的"应赴" 僧，庸俗的职业化倾向开始出现。因而僧人亦相应地被划归为禅僧、讲僧、教僧三类。这实际是对僧伽组织进行了行政干预，破坏了僧伽制度。是政治干预佛教内部事务的恶例。本来僧伽不可以孤立起来，各宗虽有侧重的不同，但本质却是一致，人为的分割导致佛教的从教义到组织到信众的全面分裂。

同时，朱元璋确立完整的僧官制度。明太祖在十五年僧录司正式官员任命之后，又特别饬令："见除僧行果为左阐教，如锦为右觉义，前去能仁（寺）开设应供道 场。"这就是专门为开设应付佛事的道场又额外任命了两个僧官。虽然元代已经出现了僧官制度，这本来就是佛教戒律所不容的，应该革除，明太祖却将其发扬光大，这是僧伽制度进一步封建官僚化的标志，进一步将佛教推向危险之路。所以，明朝前期和中期，几乎无一名僧。

明太祖对"教"特别重视，在《御制玄教斋教仪序文》中说"朕观释道二者，各有二徒......禅与全真，务以修身养性，独为自己而已；教与正一，专以超度，特为孝子慈亲之设，益人伦、厚风俗，其功大矣哉。"

在二十四年颁布的"申明佛教榜册"及其他重要文告里，他亲自过问佛事的价格，成为天下奇闻。例如："《华严经》一部，钱一万文；《般若经》一部，钱一万文；内、外部《真言》，每部钱二千文；......陈设诸佛佛像、香灯、 供给阇黎等项劳役钱，一千文。"，"瑜伽僧，既入佛刹已集成众，赴应世俗所酬之资，验日验僧。每一日每一僧，钱五百文。假若好事三日，一僧合得钱一千五百文；主磬、写疏、召请三执事，凡三日道场，每僧各五千文。"

      全国的教寺比例大增，"全国的寺院数及三派的比率虽是不祥，而由现在的明代地方志书来看二三地方的比率则如下：湖州府，教寺三十七，讲寺 六，禅寺二十四，所属宗派不明十七，总计八十四寺，所归并的寺院庵堂二百五十一寺；姑苏府，教寺七十一，讲寺二十三，禅寺三十一，所属宗派不明六，总计月百三十一寺，所归并寺院五百五十八寺。"

       这种制度，被以后的统治者效仿，导致清朝末年佛教的极端衰落之相，所谓的禅僧导致出现了"孤僻宗教"于世隔绝，所谓的讲僧导致出现了"空谈宗教"，所谓的教僧更是出现了"香火宗教"、"功利宗教"、"死者宗教"，一塌糊涂。

       同时我们可以看到，僧伽内部对此没有留下在历史上记载的任何异议。本来释迦牟尼在世时，曾经定下"以戒为师"的要求，明太祖的种种规定（包括一直延续到今天的）实际上严重破坏了佛教戒律，许多僧人却以因地制宜而采纳，实在是佛教内外的悲哀。