问一：药师经中有「此是诸佛甚深行处」，怎解？
答一：释迦佛在经中赞叹药师佛的功德，亦是十方诸佛之所行履的境界，甚深难了，不易信解。

问二：契经？
答二：梵语「修多罗」，此译「契经」，上契诸佛之理，下契众生之机。

问三：如「因陀罗网」？
答三：此是印华双举之名词。因陀罗为梵语，华译帝释或天主，即是释提桓因。网，是帝释殿前悬空的宝网。其网之线，珠玉交络，以譬物之交互相涉，重重无尽。

问四：净土三经？
答四：阿弥陀经、无量寿经、观无量寿经。

问五：「本是毗卢遮那妙体，开示报化二身」，怎解？
答五：本是毗卢遮那，华译遍一切处，乃法身如来的本体。佛有法、报、化三身。法身为体，唯证方知，不可言说。报身妙相，是智慧福德的结晶；佛成道，即成此微妙相好之报身。此分自受用报身与他受用报身，即佛自受用法悦之境，亦法身之等流；他受用报身，即现千丈卢舍那身。为教化十地菩萨所现之大身，所谓大机大用。化身，即释迦如来之千百亿化身。法身是佛之体，报身是佛之相，化身是佛之用，三即是一，一即是三。今以法主释迦为主体，代表法身；而以药师弥陀为相用，代表报化二身也。

问六：三武一宗？ 
答六：佛法在中国兴盛之时，受到老孔二教门徒之妒嫉与排挤，历史上有名的法难，即北魏武帝，周武帝，唐武帝，周世宗，谓之「三武一宗」，灭佛、焚经、坑僧、毁寺，无所不用其极。

问七：「人间亦有扬州鹤，但泛如来功德船」？ 
答七：这是玉琳国师药师经序文中的诗句。意思是说药师经中有「求富贵得富贵，求长寿得长寿，求男女得男女」等方法与现实人生是极有裨益的，只要你能依药师法门来修行，泛游药师如来的功德法船，则求人间的一切，皆可逐愿而成。至於「扬州鹤」，从前在中国有一个故事：有四人为友，一日聚会逛游，乘兴各言所欲。一个说，我想腰缠十万，享受人间的富贵足矣；一个说，听说扬州名胜的风情太好，颇思一游；一个说，我希望能骑白鹤，学神仙浮游太空；另一个说，你们的希望太少，我要有钱，有白鹤，游扬州，一切都有，即是「腰缠十万贯，骑鹤上扬州」。现在玉琳国师借用其意，即人们一切愿望，在药师经中都可以求得到，现实人间亦有白鹤，何必光是仰望那虚无缥缈的神仙，才有白鹤可骑啦！

问八：研究佛学的步骤及方法如何？ 
答八：研究佛学的方法，有先精後博，或先博後精。今以汝之情形言之，宜先博後精，即先博览佛学概论等经书，先知佛法大意及各宗概要，然後选读一宗的经论，或先择一经一论阅读专究，求其精深。时下出版之佛学概论等书，无虑十数种之多，可留意先读三数种，便知佛法梗概。然後再选如心经，金刚，维摩，或法华，楞严，起信等经论来读，下他三四年苦工，必有所获。我今花甲，日在学习，汝仅不惑，岂可卖老，而自趋颓唐？且汝学佛寒暄二十多年，平时不留意阅读经书，甚为可惜；今既披剃，为真佛子，宜修佛学，自利利他，以报佛恩，所谓「法门无量誓愿学」。所谓「活到老，学到老」，亡羊补牢，犹未为晚。佛徒且须发愿学到尽未来际，岂可以不惑之年而自嫌弃，有负学佛之初心，出家之大愿耶？