影片的故事叙述尼摩是一条喜欢冒险的小鱼。其父马龙因在一次意外中痛失爱妻及其他孩子，所以对唯一剩下的尼摩保护有加，并且在教导上也特别严厉。谁知这独子竟意外的被潜水的澳洲牙医捉走。身为父亲的马龙便展开了千里迢迢的寻子行程，决心克服大海而向牙医所居住的悉尼进发。这段寻亲历险过程正是吸引儿童观众的主要因素。

以前的动画片，大家的直觉上都认为它是为了儿童而拍的，而成年人只是扮演着陪伴的角色而已。但新时代拍摄的动画片，目标是尽量做到老少咸宜，举家共赏『不分彼此』。